Seconda Persecuzione
La seconda persecuzione occupa un periodo di tempo che va dal 1934al 1947 circa. Due sono le componenti di questa seconda persecuzione.
La prima componente, tanto per variare, presenta una novita': alcune donne gelose e invidiose, le quali, convinte che il Padre accordi ad altre una maggiore predilezione ed attenzione, cominciano, per vendetta, ad inviare ai Superiori del Convento lettere anonime in cui affermano che il Padre, di notte, va ad aprire la porta del Convento per fare entrare clandestinamente le donne. Forse il loro malanimo e' maggiormente diretto a colpire le avversarie, ma si ritorce gravemente contro l' innocente.
Per dare maggiore credibilita' all'infame accusa, una di queste donne, la piu' rabbiosamente gelosa, coperta di uno scialle per non farsi individuare, va aggirandosi, di notte, avanti alla chiesa, fingendosi di nascondersi qua e la' certa che i frati ai quali ha inviato lettere anonime stiano in osservazione da dietro le finestre e si convincano della verita' della denuncia.
La cosa e' di per se' ridicola ed inaccettabile sul piano della credibilita', se non addirittura assurda; ma i Superiori, per dovere, devono vigilare, accertarsi e controllare, seguendo passo passo, giorno e notte l' accusato. Ma le vie della Provvidenza sono infinite. Uno dei Superiori, che scalzo ed appostato sorveglia il Padre, Lo trova, in piena notte, in chiesa che, recitando il " Miserere " si sta crudelmente flagellando. Non solo, ma mentre appostato attende il Suo rientro in cella, nel buio profondo della notte, rimane sbalordito nel vederLo venire avanti, in profonda adorazione, mentre stringe al petto il bambin Gesu'.
La seconda componente delle persecuzioni di queso periodo e' lo stilicidio degli interventi del Sant' Uffizio, che si concentrano in stucchevoli richiami all' osservanza, da parte di Padre Pio, di questa o quella condotta di vita, richiami dovuti all' irrequita fantasia dei reverendi padri consultori della Sacra Congregazione.
Questi incessanti richiami ed avvertimenti costituiscono un assillo continuo sulla vita apostolica del Padre ed una forma di persecuzione che Gli impediscono di operare liberamente all' altare ed in confessionale; non solo,ma che vengono a ripercuotersi anche sulla vita della cominita' cappuccina.
Cosi', nel 1935, e' fatto divieto ai frati del convento di eleggiere il " Discreto capitolare '' ( il delegato provinciale al Capitolato Generale). Il guardiano non puo' intervenire al Capitolo, per le limitazioni imposte al convento di Padre Pio.
Nel XXV anno del sacerdozio ( 10 Agosto 1935 ) il Padre non puo' celebrare la Messa solenne, ne' puo' far baciare, come e' consuetudine, la mano, Egli e' richiamato affinche' si comporti nel modo comune "usato dai buoni sacerdoti " ( cioe' la Sua celebrazione non deve superare la durata di 30-35 minuti ); deve scendere dal convento passando per la scala interna; le visita a Lui fatte devono essere brevi; deve comunicare le donne soltanto alla balaustra.
 
Viene anche disposto che siano prese le necessarie precauzioni per evitare false interpretazioni degli ordini impartiti dall'alto. A questo sant' uomo non manca altro che Gli venga messo sotto controllo anche il respiro.
Nel 1936 ( 9 Agosto ) altra disposizione: i frati che consegneranno , contro l' assoluto divieto, pezzuole o altro oggetto usato dal Padre restino, ipso facto, sospesi a divinis,ed i fratelli laici che cio' faranno siano interdetti dal ricevere la S. Comunione.